• Gimė 1938 m. birželio 6 d. Pasvalio rajono Trajoniškio kaime, valstiečių šeimoje.

    1945–1949 m. mokėsi Suntautų pradžios mokykloje, 1949–1952 m. Krinčino septynmetėje,

    1953–1954 m. mokėsi Pasvalio vidurinėje mokykloje.

    1954–1958 m. mokėsi Panevėžio hidromelioracijos technikume.

    1958–1959 m. dirbo Tauragės melioracijos mašinų stotyje techniku, 1959–1963 m. Alytaus melioracijos statybos valdyboje darbų vykdytoju, 1963–1972 m. Sausinimo sistemų valdyboje vyr. inžinieriumi.

    1964–1968 m. Maskvos aukštuosiuose užsienio kalbų kursuose neakivaizdiniu būdu studijavo vokiečių kalbą, įgydamas ne tik praktinių bendravimo ta kalba įgūdžių, bet ir pagilinęs žinias apie tos šalies literatūrą bei kultūrą. Baigęs kursus, Vilniaus universitete studijavo lietuvių kalbą ir literatūrą.

    Dar 1959 m. J. Kauneckas apsisprendė stoti į Kauno tarpdiecezinę kunigų seminariją. Tačiau sprendimą įgyvendinti buvo sudėtinga. Mat, sovietų valdžia vykdė tiesioginę prievartą Bažnyčios atžvilgiu: uždaromos bažnyčios ir vienuolynai, kunigų seminarijos (palikta tik Kauno kunigų seminarija, į kurią ilgą laiką kasmet leista priimti tik 5 studentus), organizuojamos represijos prieš dvasininkus (kunigai suimami ir įkalinami), žmonėms neleidžiama viešai išpažinti savo tikėjimą, švęsti liturgines šventes, organizuoti procesijas už šventoriaus ribų, kunigams drausta katechizuoti vaikus ir kt. Religiniam gyvenimui varžyti, jo kontrolei vykdyti 1944 m. įsteigta Religinių kultų reikalų taryba (RKRT) prie TSRS Ministrų Tarybos ir paskirtas jos įgaliotinis prie Lietuvos TSR Ministrų Tarybos (pareigos eitos iki 1989 m.). Įgaliotinis, be kitų veiklų, tikrindavo ir Kauno kunigų seminarijos auklėtinių bei dėstytojų sąrašus, įsakydavo vadovybei šalinti netinkamus klierikus ir dėstytojus, keisdavo rektorius, darydavo įvairiausių kliūčių norintiesiems studijuoti.

    J. Kauneckas į seminariją priimtas tik 1972 m. Po penkerių studijų metų, t. y. 1977 m. gegužės 22 d., Kauno Šv. Apaštalų Petro ir Povilo arkikatedroje bazilikoje įšventintas kunigu.

    1977–1983 m. ėjo Telšių Šv. Antano Paduviečio katedros vikaro (klebono padėjėjo) pareigas, vėliau (1984–1990) – Skaudvilės Šv. Kryžiaus ir Adakavo Šv. Jono Krikštytojo bažnyčių klebonas.

    Be tiesioginės kunigo pastoracinės veiklos, labai svarbi Vyskupo biografijos dalis – kova už Tėvynės ir Bažnyčios laisvę. 1971 m. rinko parašus (iš 17000 asmeniškai jų surinko 3500) po garsiuoju Lietuvos Romos katalikų memorandumu, reikalaujančiu Lietuvai tikėjimo laisvės. Nuo 1970-ųjų iki 1989 metų, t. y. iki Lietuvos Atgimimo, bendradarbiavo leidžiant ir platinant tautinį sąmoningumą ir tikėjimą skatinančius pogrindžio leidinius: „Lietuvos Katalikų Bažnyčios kroniką“ (LKBK), „Aušrą“, „Dievą ir Tėvynę“, „Rūpintojėlį“, „Alma Mater“ bei įvairias patriotines ir religines knygas.

    1978–1980 m. Telšiuose šalies jaunimui įsteigė laikraštėlį „Lietuvos ateitis“ ir redagavo tris pirmuosius jo numerius (iš viso išėjo 7). Vienuolės Onos Pranskūnaitės bute (Panevėžys, Smėlynės g., nr. 59, bt. 70) įrengus kopijavimo aparatą Era, kartu su kunigu Juozu Zdebskiu aprūpindavo ją reikalingomis spausdinimo priemonėmis. Be to, Alytuje, vėliau ir Kauno kunigų seminarijoje platindavo savarankiškai padaugintą literatūrą tikintiesiems. Įsigijęs kopijavimo aparatą Era, pogrindinę veiklą sėkmingai tęsė Telšiuose. Turėjo devynias rašomąsias mašinėles, keli žmonės perrašinėdavo knygas, daugindavo, užrašinėdavo medžiagą pogrindžio leidiniams, ypač „Lietuvos katalikų bažnyčios kronikai“, registruodami tarybų valdžios neteisybes.

    1977–1989 m. kun. J. Kauneckas parašė keliasdešimt protestų apie tikinčiųjų teisių pažeidimus ir, kartu su kitais kunigais surinkęs Telšių vyskupijos kunigų bei tikinčiųjų parašus, išsiuntinėjo sovietinėms įstaigoms. Visi šie 1978–1989 m. dokumentai publikuoti LKBK, kai kurie – „Aušroje“. 1977–1984 m. Telšiuose platino rusišką kroniką „Chronika tekuščich sobytij“, o 1984–1989 m. Skaudvilėje – slapto politinio veikimo leidinius bei literatūrą.

    1977–1989 m. buvo Telšių vyskupijos pogrindinės jaunimo organizacijos „Eucharistijos bičiuliai“ narys ir vadovas. Drauge su jaunimu prižiūrėjo Kryžių kalną ir platino antisovietinius leidinius. Nuo 1978 m. vesdavo jaunimui patriotines susikaupimo dienas-rekolekcijas, skatinusias priešintis pavergėjų pastangoms dvasiškai sunaikinti lietuvių tautą (išdildyti iš atminties religinį tikėjimą, nutautinti, asimiliuoti).

    1978 m. lapkričio 13 d. penki kunigai – Sigitas Tamkevičius, Alfonsas Svarinskas (1925–2014), Juozas Zdebskis (1929–1986), Vincentas Vėlavičius (1914–1997) ir Jonas Kauneckas įsteigė „Tikinčiųjų teisėms ginti katalikų komitetą“ (TTGKK), o lapkričio 22 d. kunigai – Sigitas Tamkevičius, Alfonsas Svarinskas ir Juozas Zdebskis konspiraciniame bute Maskvoje su rusų disidentais paskelbė pasauliui žinią apie įsteigtą „Tikinčiųjų teisėms ginti katalikų komitetą“ (TTGKK). Iš viso Komitetas išplatino 53 dokumentus (protestus ir reikalavimus) apie Bažnyčios bei žmogaus teisių pažeidimus okupuotoje Lietuvoje. Tie dokumentai buvo adresuoti: popiežiui Jonui Pauliui II (prašyta palaiminti TTGKK veiklą), Madrido ir UNESCO konferencijoms, Amerikos prezidentui, Nobelio taikos premijos laureatui Džimiui Karteriui (šalį valdė 1977–1981), įvairioms sovietų įstaigoms ir tarptautinėms įstaigoms bei organizacijoms. Į pareiškimus sovietų organai neatsakydavo, išskyrus vieną kartą. Atkūrus Lietuvos nepriklausomybę, išleista TTGKK dokumentų knyga.

    1978–1989 m. kun. J. Kauneckas vykdavo į misijines keliones pas Sibiro katalikus vokiečius.

    1990 m. paskirtas atkurtos Telšių kunigų seminarijos vicerektoriumi ir seminarijos dėstytoju.

    Nuo 1993 m. – Telšių seminarijos dvasios vadas, nuo 1990 m. – Telšių vyskupijos kunigų tarybos narys, nuo 1994 m. – Telšių vyskupijos konsultorius (patarėjas).

    1993 m. Popiežiaus Jono Pauliaus II paskirtas monsinjoru (katalikų aukštųjų dvasininkų titulas). Nuo 1994 m. – Telšių ateitininkų dvasios vadas.

    2000 m. gegužės 13 d. nominuotas vyskupu ir paskirtas Telšių vyskupu augziliaru (lot. auxiliaris – teikiantis pagalbą; kat. dvasininkų laipsnis ir pareigos). Vyskupu konsekruotas 2000 m. rugpjūčio 5 d.

    2002 m. sausio 5 d. popiežius Jonas Paulius II vyskupą Joną Kaunecką paskyrė Panevėžio vyskupu. Vyskupo ingresas į Panevėžio Kristaus Karaliaus katedrą vyko vasario 17 d.

    2013 m. birželio 6 d. Šv. Tėvas Pranciškus priėmė vyskupo Jono Kaunecko atsistatydinimą. Vyskupų kongregacija paskyrė jį vakuojančio Panevėžio sosto (sede vacante) Apaštaliniu Administratoriumi iki rugpjūčio 10 d., kai naujasis vyskupas perėmė pareigas.

    ******

    1998 m. rugpjūčio 21 d. (Rugpjūčio 23-iosios – Juodojo kaspino dienos proga) Lietuvos Respublikos Prezidentas Valdas Adamkus apdovanojo kunigą Joną Kaunecką Vyčio Kryžiaus ordinu už narsą, pasiaukojimą ir ištvermę, kovojant dėl tautos laisvės bei ginant žmogaus teises okupuotoje Lietuvoje.

    2000 m. liepos 1 d. Lietuvos Respublikos Prezidento dekretu Nr. 929 Lietuvos nepriklausomybės atkūrimo dešimtmečio proga už nuopelnus, atkuriant ir įtvirtinant Lietuvos nepriklausomą valstybę, už kovą dėl Tautos laisvės okupuotoje Lietuvoje apdovanotas Lietuvos nepriklausomybės medaliu.

    2004 m. birželio 1 d. Lietuvos gyventojų genocido ir rezistencijos tyrimo centras vyskupą Joną Kaunecką, antisovietinės spaudos leidėją ir platintoją, kovojusį už Lietuvos nepriklausomybę, pripažino neginkluoto pasipriešinimo (rezistencijos) dalyviu ir išdavė Laisvės kovų dalyvio pažymėjimą.

    2014 m. vyskupas Jonas Kauneckas apdovanotas Gabrielės Petkevičaitės-Bitės atminimo medaliu „Tarnauju Lietuvai“.